Nekateri algoritmi in računalniški programi za probleme sintetične biologije, 7. del (Seminar DM)

Iz MaFiRaWiki

Nekateri algoritmi in računalniški programi za probleme sintetične biologije, 7. del

Tomaž Pisanski

Torek, 20. maj 2014, od 10-12, Plemljev seminar, Jadranska 19


Povzetek: Ogledali si bomo, kaj se zgodi, če ima veriga lahko več enakih segmentov ob predpostavki, da se pri samosestavi sklopijo vsi segmenti po parih. Za vsak polieder najprej poiščemo vse možne fundamentalne poligone. Potem pozabimo na različnost segmentov. Ohranimo le informacijo o paralelnosti in anti-paralelnosti. Tako “pozabljeno” strukturo nato ne vse možne načine konkretiziramo. Pri tem izločimo vse nedopustne skelete, npr. skelete z zankami. Pri antiparalelnih segmentih moramo računati na kombinatorično eksplozijo. Edino orodje,ki nam lahko pri tem pomaga, so heterodimere.

Trenutni programi, ki jih razvijamo, so napisani v Pythonu 3, zato jih ne moremo preprosto vgraditi v sage. Na seminarju bi se pogovrili tudi o možnosti, da preklopimo na Python 2.7. z objektno usmerjenim pristopom. Tako bi postali naši programi le pilotni projekt prenosa sistema Vega v sage. Razred, ki ga moramo najprej razviti je “abstraktni poligonalni kompleks."

Seminar je zanimiv predvsem sodelavce projekta BioOrigami in vse, ki bi želeli sodelovati pri prenosu Vege na sage.


Glej tudi/See also


Seminar za diskretno matematiko

Osebna orodja